Emiliano è apertamente schierato sul fronte opposto al governo, già questo ha messo in difficoltà i militanti del partito democratico, diviso tra chi organizza iniziative per il sì e chi per il no. A questo si aggiunge il caso Taranto. Il presidente della Regione aveva più volte sollecitato il governo sull'approvazione dell'emendamento che permetteva agli ospedali tarantini di evitare i tagli inseriti nel piano di riordino della sanità, così come previsto dal decreto ministeriale 70, e di dotarsi di 50 milioni per assumere personale e acquistare strumenti diagnostici. Ma l’emendamento è stato bocciato. Secondo il sottosegretario alla presidenza del consiglio De Vincenti si sta “strumentalizzando la salute dei bambini tarantini “ per coprire la più totale inadeguatezza del servizio sanitario pugliese”. Emiliano ha risposto alle critiche: “De Vincenti utilizza questa tecnica di buttarla in rissa ogni volta che non sa cosa rispondere. Non ho mai abboccato, anche perché una rissa tra me e De Vincenti sarebbe impari e non voglio violare il principio della parità delle armi”. Emiliano minaccia di manifestare sotto palazzo Chigi per ottenere quel che il governo aveva promesso. Al momento, la discussione è rimandata al Senato, cioè al 6 dicembre, dunque… dopo il referendum.